Тюремное заключение стало наказанием в 1550 году, при Иване Грозном.
При царе Алексее Михайловиче были попытки определить порядок тюремного управления, однако подробный «Проект положения о тюрьмах» был создан лишь при Екатерине II. Первых тюрем не сохранилось — две были на территории Московского Кремля (причём одна — в Благовещенской башне), одна — при Разбойном приказе на Васильевском спуске.
Но все знают адрес – Матросская Тишина. Когда в конце XVIII веке обсуждался вопрос об использовании зданий бывшей парусной фабрики, основанной Петром Великим и давшей название этой улице – Тишина это Парус, – то решили туда перевести не только инвалидный дом, но и все учреждения, управляемые Приказом общественного призрения. В том числе и работный и смирительные дома, в 1870 году превратившиеся в тюрьму. В этой тюрьме в то время размещалось до 300 мужчин и 150 женщин. Заключённые — мошенники, воры, мелкие преступники. Цель исправительной тюрьмы — «дать в руки этому сброду известное ремесло». То есть это была исправительная тюрьма.
Знаменитая в России Лефортовская тюрьма построена к 1881 при Александре II по проекту архитектора Павла Козлова, как военная тюрьма для содержания нижних чинов, осуждённых на небольшие сроки. Нечто вроде нынешних гауптвахт. В 30-х Лефортово находилось в подчинении Главного тюремного управления ГУГБ НКВД СССР. В 60-х годах прошлого столетия председатель КГБ СССР Владимир Семичастный закрыл внутреннюю Лубянскую тюрьму и Лефортово приобрела статус главной тюрьмы госбезопасности.
Ещё в 1784 году Екатерина II дала согласие на строительство у Бутырской заставы каменного губернского тюремного замка вместо существовавшего деревянного острога. Здание тюрьмы было спроектировано выдающимся московским архитектором Матвеем Казаковым. Бутырский замок имеет 4-башни: «Пугачёвская» (до 1775 года — Южная), «Полицейская», «Северная», «Часовая». Функция тюрьмы в девятнадцатом веке была преимущественно пересыльная.
Была ещё знаменитая Таганская тюрьма (полное название – Московская губернская уголовная тюрьма). Построена в 1804 году по указу Императора Александра I. Находилась на пересечении улицы Малые Каменщики и Новоспасского переулка. Первоначально в ней содержались только уголовные преступники, с конца XIX века - и политические. Основная функция - "рабочий дом с лишением свободы". В тюрьме были мастерские: портновские, слесарно-кузнечно-механические, токарные, переплетные и типография. После Октябрьской революции в мастерских тюрьмы выполнялись срочные заказы для центрального карательного отдела Наркомюста, войск внутренней охраны и внутренней службы. Здания Таганской тюрьмы были разобраны в середине 1950-х годов. На ее месте построили четыре пятиэтажных дома. Всё что осталось от «Таганки» – бывшее административное здание тюрьмы, затерявшееся во дворах, и в настоящее время, заселённое офисами.
